Уфимские новокрещены стали встречаться под названием «нагайбаки» в 19 веке. История этнонима происходит от башкирского кочевника по имени Нагайбак, который жил в местностях современного Башкортостана. Туда в 1522 году, после падения Казани, переселились предки нагайбаков — арские татары, принявшие христианство. Именем кочевника был сперва назван один населенный пункт, созданный народом, затем вся этническая группа. Во времена Оренбургского казачества назывались «оренбургские казаки».